The Wadden Sea Center is owned by Esbjerg municipality. The independent Institution Foundation for the Wadden Sea Center operates the center.
The expansion and new building of the center has been made possible on the basis of generous donations from the following foundations:
- A.P. Møller og Hustru Chastine Mc-Kinney Møllers Fond til almene Formaal
- Realdania
- Arbejdsmarkedets feriefond
- Esbjerg kommune
- Friluftsrådet - Støttet med tilskud fra Tips- og Lottomidler til Friluftslivet
- Louis Petersens Legat
- Augustinus fonden
- Bevica Fonden